孫子淇、李慧慧、張魯燕、王健康。2013。QTL 作圖中零假設檢驗統(tǒng)計量分布特征及LOD 臨界值估計方法。作物學報39(1): 1-11。

摘要: 研究QTL 作圖中零假設檢驗統(tǒng)計量分布特征, 可以幫助我們選取合適的LOD 臨界值, 以控制全基因組顯著
性概率水平下犯第一類錯誤的概率。本文利用模擬方法, 研究了QTL 作圖中單個掃描位點的似然比檢驗(LRT)統(tǒng)計
量在零假設下的分布特征、影響最大LOD 統(tǒng)計量累積分布的因素以及不同群體在不同標記密度下有效獨立檢驗次數(shù)
與染色體長度的關(guān)系。結(jié)果表明, 在定位加顯性效應QTL 的一維掃描和定位上位性互作QTL 的二維掃描中, 單個掃
描位置上的LRT 統(tǒng)計量均服從卡方分布, 其自由度等于檢測QTL 遺傳參數(shù)的個數(shù); 染色體個數(shù)、群體大小和表型測
量誤差方差對零假設下檢驗統(tǒng)計量的分布沒有影響, 即不影響LOD 臨界值的選取, 而群體類型、標記密度和染色體
長度有明顯影響, BC1、RIL 和F2 三種類型的群體中, BC1 群體的臨界值最小, F2 群體的臨界值最大, 標記越密染色體越長,
對應的LOD 臨界值越大; QTL 一維掃描中有效獨立檢驗次數(shù)與染色體長度呈正比, 二維掃描中有效獨立檢驗次數(shù)與染色
體長度呈二次冪關(guān)系。借助Bonferroni 矯正, 給出了全基因組顯著性水平與單個掃描位點顯著性水平間的關(guān)系, 因此, 研
究者可根據(jù)作圖群體的群體類型、標記密度和基因組長度, 很方便地確定特定全局顯著性概率水平下的LOD 臨界值。
關(guān)鍵詞: QTL 作圖; 似然比檢驗; LOD 統(tǒng)計量; 零假設; 顯著性水平; 獨立檢驗次數(shù)

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