QTL IciMapping是課題組研制的首個集成遺傳分析軟件，適用于兩個純系親本雜交產(chǎn)生的多種后代群體。該軟件自2007年首次發(fā)布以來，經(jīng)不斷擴(kuò)充和完善，目前已發(fā)布到4.2版。軟件具有表型數(shù)據(jù)方差分析、SNP基因型數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、冗余標(biāo)記刪除、連鎖圖譜構(gòu)建、圖譜整合、奇異分離座位定位、QTL作圖、QTL與環(huán)境互作分析、染色體片段置換系CSSL群體QTL作圖、巢式關(guān)聯(lián)分析NAM群體QTL作圖等10大功能。軟件具有界面友好、功能完善、處理數(shù)據(jù)量大、結(jié)果可靠等特點(diǎn)，在國內(nèi)外享有盛譽(yù)，并獲得廣泛應(yīng)用。介紹該軟件的文章于2015年發(fā)表在《The Crop Journal》期刊，截至目前被引超1000次。這既是課題組所發(fā)表引用次數(shù)最高的文章，也是該期刊自發(fā)行以來所發(fā)表引用次數(shù)最高的文章。

除QTL IciMapping軟件之外，課題組還研制了適用于其他類型遺傳群體的集成軟件。GACD (Genetic Analysis of Clonal F1 and Double Cross) 軟件適宜于兩個雜合親本的雜種F1群體，以及四個純系的雙交群體。GAPL (Genetic Analysis Software of Pure-Line Populations) 軟件適宜于四個至八個純系衍生的純系DH和RIL純系后代群體。這兩個軟件與QTL IciMapping軟件一起，可以對自花授粉、異化授粉和無性繁殖等不同繁殖方式物種中各種雜交后代群體開展遺傳分析研究。最近還發(fā)布了GAHP (Genetic Analysis Software of Heterozygous Populations) 軟件，適宜于雙親純系衍生的純系后代群體，以及純系后代衍生的永久回交和永久F2，對雜種優(yōu)勢遺傳機(jī)制的分析和研究具有重要作用。

課題組將繼續(xù)對這些軟件優(yōu)化升級和功能強(qiáng)化，努力為各類遺傳數(shù)據(jù)有效分析和重要性狀遺傳研究提供完善高效的一站式分析計(jì)算機(jī)工具。