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QTL IciMapping 4.1版近日發(fā)布

點擊數(shù):??|??發(fā)表時間:2016-01-28

QTL IciMapping是遺傳連鎖圖譜構(gòu)建和數(shù)量性狀基因定位集成軟件,軟件采用最新的編程技術(shù),把不同功能包裝在一個工程中,用戶可以隨時查看已經(jīng)完成的各項操作,瀏覽已完成操作產(chǎn)生的各種結(jié)果,軟件界面更加友好、功能更加強大。軟件4.1版于20161月發(fā)布。

4.1版具有以下九大功能:1、多環(huán)境表型數(shù)據(jù)方差分析的AOV功能;2、刪除冗余標記的BIN功能;3、構(gòu)建連鎖圖譜的MAP功能;4、整合連鎖圖譜的CMP功能;5、奇異分離位點定位的SDL功能;6、雙親衍生群體QTL作圖的BIP功能;7、多環(huán)境表型鑒定數(shù)據(jù)QTL分析的MET功能;8、染色體片段置換系QTL作圖的CSL功能;9、巢式關(guān)聯(lián)分析群體QTL作圖的NAM功能。另外還提供兩個附加工具:1、繪制已構(gòu)建遺傳連鎖圖譜的MapShow工具;2、兩點重組率估計的2pointREC工具。

 

4.0版的不同之處

1、把原來的ANOVA工具變?yōu)檐浖牡谝粋€功能,即AOV功能,并增加了性狀相關(guān)、環(huán)境相關(guān)、雙標圖等分析方法;

2、增加了表型缺少數(shù)據(jù)的表示方法,即用戶可以用“NA”、“na”、“*”、“.”表示缺失性狀值,原來的-100表示方法仍然有效;

3、BIN功能中,增加了根據(jù)奇異分離嚴重程度來刪除標記的選項;

4、MAP功能中,增加了按照指定分群數(shù)目的算法,并對參數(shù)界面做了調(diào)整;

5、簡單區(qū)間和完備區(qū)間兩種QTL定位方法的輸出結(jié)果中,增加了QTL位置上左右下降一個LOD值的置信區(qū)間;

6、所有QTL定位方法的輸出結(jié)果中,根據(jù)定位到QTL的信息,對單個QTL的貢獻率(即PVE)進行矯正,矯正后的PVE具有可加性;