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GAPL 1.2版近日更新

點(diǎn)擊數(shù):??|??發(fā)表時(shí)間:2019-07-25

 

GAPL是一個(gè)界面友好、能夠在四交和八交衍生純系群體中構(gòu)建高密度連鎖圖譜、開展數(shù)量性狀基因 (QTL) 定位的集成軟件。軟件1.2版于20189月發(fā)布,并于20197月更新。

 

1.2版具有以下四大功能:1、基因型芯片檢測(cè)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換的SNP功能(將遺傳群體中個(gè)體或家系的AA、TT、CCGG、AT、AC、AG、TCTG、GT數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為軟件需要的格式,用戶需要提供親本基因型才能利用此功能);2、刪除冗余標(biāo)記的BIN功能;3、四交、八交純系群體構(gòu)建連鎖圖譜的PLM功能;4、四交、八交純系群體QTL作圖的PLQQ功能。

 

此次更新內(nèi)容包括:

1PLM功能中,成對(duì)重組率矩陣保存在一個(gè)臨時(shí)文件中,以提高大量標(biāo)記的處理能力,面前能處理的標(biāo)記數(shù)量可以達(dá)到數(shù)萬個(gè);更多標(biāo)記的群體,建議先使用BIN功能去除冗余。

2、PLM功能中,對(duì)排序算法進(jìn)行了優(yōu)化。

3、同時(shí)提供32位和64位兩種版本。