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GACD 1.2版近日發(fā)布

點(diǎn)擊數(shù):??|??發(fā)表時間:2019-07-25

GACD是無性系F1和雙交群體的遺傳連鎖圖譜構(gòu)建和數(shù)量性狀基因定位集成軟件,軟件采用最新的編程技術(shù),把不同功能包裝在一個工程中,用戶可以隨時查看已經(jīng)完成的各項操作,瀏覽已完成操作產(chǎn)生的各種結(jié)果,軟件界面更加友好、功能更加強(qiáng)大。軟件1.1版于20197月發(fā)布。

 

1.2版具有以下四大功能:1、基因型芯片檢測數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換的SNP功能(將遺傳群體中個體或家系的AATT、CC、GG、ATAC、AG、TCTG、GT數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為軟件需要的格式,用戶需要提供親本基因型才能利用此功能);2、刪除冗余標(biāo)記的BIN功能;3、克隆F1和雙交群體構(gòu)建連鎖圖譜的CDM功能;4、克隆F1和雙交群體QTL作圖的CDQ功能。

 

1.1版的不同之處:

1、增加了基因型芯片檢測SNP數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)換功能,稱為SNP功能,作為軟件的第1個功能。該功能將遺傳群體中個體或家系的AATT、CC、GGAT、AC、AG、TC、TGGT數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為軟件需要的格式,用戶需要提供無性系F1群體的兩個雜合親本或四交F1群體的四個純合親本的基因型數(shù)據(jù)才能利用此功能。

2、CDM功能中,成對重組率矩陣保存在一個臨時文件中,以提高大量標(biāo)記的處理能力,面前能處理的標(biāo)記數(shù)量可以達(dá)到數(shù)萬個;更多標(biāo)記的群體,建議先使用BIN功能去除冗余。

3、CDM功能中,對排序算法進(jìn)行了優(yōu)化。

4、同時提供32位和64位兩種版本。