第一講（9月18日）

引言：數(shù)量遺傳學發(fā)展簡史、數(shù)量遺傳學的研究內(nèi)容和方法、數(shù)量遺傳學的育種應用、數(shù)量遺傳學發(fā)展方向、CIMMYT小麥育種簡介、觀看紀錄片《The Norman Borlaug Story》

[課件1-1；課件1-2] [課外作業(yè)1]

 

第二講（自學）

附錄：線性代數(shù)和概率統(tǒng)計基礎(chǔ)：矩陣和矩陣運算，隨機變量（離散和連續(xù)），隨機變量的概率密度函數(shù)和概率分布函數(shù)，隨機變量的數(shù)學期望和方差，樣本和樣本統(tǒng)計量，參數(shù)估計的常用方法

[課件2] [課外作業(yè)2]

 

第三講（9月25日）

第一章：育種群體的遺傳組成：基因和基因型頻率，改變基因和基因型頻率的因素，自交和回交群體中基因和基因型頻率的變化，隨機交配群體中基因和基因型頻率的變化，Hardy-Weinberg平衡定律和平衡的檢驗

第二章：影響群體遺傳平衡的因素：遷移和突變，選擇，隨機漂變

[課件3-第一章；課件3-第二章] [課外作業(yè)3]

 

第四講（10月9日）

第三章：有效群體大小，群體遺傳學在遺傳資源保護中的應用；親本關(guān)聯(lián)和近交；親本系數(shù)和近交系數(shù)的估算

[課件4-第三章] [課外作業(yè)4]

 

第五講（10月16日）

第四章：雙親雜交后代的世代平均數(shù)和方差分析：數(shù)量遺傳學的發(fā)展、基本內(nèi)容與研究方法，基因作用的類型，加性—顯性遺傳模型，尺度檢驗，非等位基因的互作（上位型互作），模型配合

實習1 借助相關(guān)計算機軟件進一步認識群體遺傳學：（1）隨機交配群體中基因頻率的變化；（2）遺傳資源搜集、保存和再生過程中的統(tǒng)計模型與模擬

[課件5] [課外作業(yè)5] [實習1材料]

 

第六講（10月23日）

第五章：隨機交配群體中遺傳效應的分解：基因平均效應，基因替代效應，育種值，顯性離差，兩個等位基因間的互作，上位性離差，等位基因的測交效應，單交組合中遺傳效應的分解；隨機交配群體中遺傳方差的分解

實習2 六家系世代的平均數(shù)與方差分析：利用一套六家系世代數(shù)據(jù)（真實的或模擬的）估計遺傳參數(shù)，并利用計算機模擬估計模型配合的統(tǒng)計功效

[課件6] [課外作業(yè)6] [實習2材料]

   第七講（10月30日）

第六章：遺傳交配設(shè)計與遺傳參數(shù)的估計：雙親本雜交設(shè)計，NC（North Carolina）I、II、III設(shè)計，TTC（triple test cross）設(shè)計，雙列雜交設(shè)計，一般配合力和特殊配合力分析

[課件7] [課外作業(yè)7] [實習3材料][方差分析和線性模型]

 

第八講（11月6日）

第七章：基因型和環(huán)境互作：基因型和環(huán)境互作的類型，互作方差的估計，品種穩(wěn)定性分析，AMMI（additive main effects and multiplicative interaction

實習3 利用遺傳交配設(shè)計估算遺傳方差和遺傳力：利用NCI、NCII和NCIII遺傳交配設(shè)計估計遺傳參數(shù)（利用田間數(shù)據(jù)或模擬數(shù)據(jù)，利用SAS軟件）

[課件8] [課外作業(yè)8] [課堂練習材料]

 

第九講（11月13日）

第八章：選擇響應的預測與提高遺傳進度的途徑：選擇的類型，遺傳力和選擇響應，相關(guān)性狀的間接選擇和多性狀的同時選擇：遺傳相關(guān)和相關(guān)選擇，選擇指數(shù)

[課件9] [課外作業(yè)9] [課堂練習材料]

 

第十講（自學）

第九章：混合遺傳模型：混合分布理論，極大似然估計，EM算法，一對和兩對主基因的主基因遺傳模型，多基因遺傳模型，一對主基因和多基因的混合遺傳，混合遺傳模型計算機軟件的使用

實習4 混合遺傳模型分析方法的使用：對一組田間數(shù)據(jù)或模擬數(shù)據(jù)，利用混合遺傳模型的分析方法確定其遺傳模式

[課件10] [實習4材料]

 

第十一講（11月20日）

QTL做圖（I）：兩個基因座位間重組率的估計（兩點分析），三點分析，遺傳干涉和做圖函數(shù)，連鎖圖構(gòu)建算法

實習5 QTL作圖（I）：QTL IciMapping軟件的使用—連鎖圖譜的構(gòu)建（MAP），圖譜的整合（CMP），冗余標記處理（BIN）

[課件11] [課外作業(yè)10] [實習5材料QTL IciMapping軟件] [netFramework] [EM算法練習]

 

第十二講（11月27）

QTL做圖（II）：基本原理，單點作圖，簡單區(qū)間作圖

實習5 QTL作圖（II）：QTL IciMapping軟件的使用—雙親群體QTL作圖（BIP）

[課件12] [課外作業(yè)11-15]

 

第十三講（12月4日）

QTL做圖（III）：完備區(qū)間作圖，F2群體的作圖以及其他QTL作圖方法

實習5 QTL作圖（III）：QTL IciMapping軟件的使用--CSSL群體的QTL作圖（CSL）、QTL和環(huán)境互作（MET）、NAM群體（NAM）、奇異分離（SDL）

[課件13] 

 

第十四講（12月11日）

第十五講（12月19日）

QTL做圖（V）：QTL檢測功效的模擬和檢測方法的比較

實習5 QTL作圖（V）：QTL IciMapping軟件的使用—QTL檢測功效的模擬和檢測方法的比較

[課件15]

 

第十六講（12月25日）

QTL做圖（VI）：QTL做圖研究中存在的問題和對策

實習5 QTL作圖（VI）：QTL IciMapping軟件的使用—所有功能

[課件16]

 

育種模擬（與“育種專題”合并進行）

第十二章：育種模擬I：QuLine育種模擬程序的應用實例，基因和環(huán)境系統(tǒng)的建立，內(nèi)容包括育種目標環(huán)境TPE（target population of environments），復等位基因，加性-顯性-上位性基因效應，一因多效等；育種模擬II：育種方法的定義，內(nèi)容包括選育近（自）交系育種程序中自雜交到終試各個階段的世代遞進方法（系譜或混合），所選擇性狀（一個或多個），選擇比例，選擇類型（高值、中間值、低值或隨機）等

實習6 與選育自交系相關(guān)的育種方法的模擬與比較：利用QuLine育種模擬軟件定義遺傳模型和選擇方案，比較不同選擇方案間的差異

[課件育種模擬] [實習6育種模擬軟件]  [課外作業(yè)-育種模擬]

 

期末測試（2015年1月8日）

  

課程成績評定：

平時作業(yè)和實習報告（6個中任選1個）占50分，期末測驗占50分。

實習報告從6個中任選1個，內(nèi)容包括實習目的、所用數(shù)據(jù)和材料的簡單描述、結(jié)果分析和討論，結(jié)果最好用圖形或表格的形式表述出來。

 

6個供選擇的實習題目如下：

 

實習1 借助相關(guān)計算機軟件進一步認識群體遺傳學：（1）隨機交配群體中基因頻率的變化；（2）遺傳資源搜集、保存和再生過程中的統(tǒng)計模型與模擬。

 

實習2 六家系世代的平均數(shù)與方差分析：利用一套六家系世代數(shù)據(jù)（真實的或模擬的）估計遺傳參數(shù)，并利用計算機模擬估計模型配合的統(tǒng)計功效。

 

實習3 利用遺傳交配設(shè)計估算遺傳方差和遺傳力：利用NCI、NCII和NCIII遺傳交配設(shè)計估計遺傳參數(shù)（利用田間數(shù)據(jù)或模擬數(shù)據(jù)，利用SAS軟件）。

 

實習4 混合遺傳模型分析方法的使用：對一組田間數(shù)據(jù)或模擬數(shù)據(jù)，利用混合遺傳模型的分析方法確定其遺傳模式。

 

實習5 QTL作圖：利用QTL IciMapping軟件了解連鎖圖譜的構(gòu)建、QTL做圖的一般過程、做圖結(jié)果分析。

 

實習6 與選育自交系相關(guān)的育種方法的模擬與比較：利用QuLine育種模擬軟件定義遺傳模型和選擇方案，比較不同選擇方案間的差異。